A Fundação, desde o seu nascimento, estabeleceu-se na actual sede, conhecida como a Casa da Companhia. O seu nome advém da Companhia Geral da Agricultura das Vinhas do Alto Douro que arrendou o edifício, em 1761. A Companhia, que gozava do monopólio da comercialização do vinho do Porto, vingou e prosperou, tendo adquirido o imóvel em 1805. No século passado a Associação Nacional de Jovens Empresários instalou-se neste espaço, antes de ser construída a sua própria sede, na zona da Foz do Douro. A Casa da Companhia está, desde 1989, ocupada pela Fundação da Juventude.
A Casa da Companhia é um vasto prédio composto por um piso térreo e um andar nobre, com entrada principal na Rua das Flores e com um pequeno alpendre de linhas simples que dá acesso a um pátio de pavimento lajeado. Do lado da Rua do Ferraz ficam as antigas lojas, capela, casa-forte e quintal. No andar nobre, a fachada apresenta seis janelas das quais se abrem outras pequenas janelas em forma de óculo, que se repetem na fachada desnivelada da Rua do Ferraz.
Para além dos serviços técnicos e administrativos, a Casa da Companhia é composta por auditório, bar, galeria, biblioteca, dedicando também um dos pisos aos Ninhos de Empresa – este Programa consiste em espaços físicos dotados de infra-estruturas de apoio técnico e material, onde os jovens entre os 18 e os 35 anos, recém-licenciados ou com formação profissional especializada, podem exercer actividades empresariais, na área dos serviços.
