O processo de selecção dos estagiários no âmbito do PEJENE processa-se da seguinte forma:
A Fundação da Juventude, à medida que vai recebendo as candidaturas das empresas faz a pré-selecção de 2 a 3 candidatos para cada vaga, enviando os curricula desses candidatos para a empresa, seguidamente a empresa que faz a selecção final, normalmente através da análise do curriculum e/ou entrevista.
A pré-selecção vai ser feita durante o mês de Junho, e os candidatos à medida que vão sendo pré-seleccionados são avisados, por e-mail, desse facto. Em Julho quando a Fundação da Juventude já não tiver mais pedidos de empresas, aqueles candidatos que não tenham sido pré-seleccionadas também serão avisados por e-mail.

Aqueles candidatos que tenham interesse em realizar estágio numa determinada empresa específica podem contactar a empresa previamente nesse sentido. Desta forma ficam com o estágio assegurado e devem no formulário de candidatura indicar que já estabeleceram o contacto prévio com a empresa. Por outro lado a empresa quando efectuar a candidatura deve informar que a vaga de estágio se destina ao estagiário em questão, indicando o nome completo do estagiário e a respectiva área de formação.