O Concurso Nacional para Jovens Cientistas e Investigadores é organizado pela Fundação da Juventude, cabendo porém a avaliação e a selecção dos trabalhos a um Júri designado pela Ciência Viva - Agência Nacional para Cultura Científica e Tecnológica, Júri esse que integrará professores e investigadores de reconhecido mérito das diferentes áreas científicas envolvidas, para além de representantes da Fundação da Juventude, da Direcção Geral da Inovação e Desenvolvimento Curricular e da Ciência Viva.

Os prémios a atribuir aos alunos e projectos seleccionados são os seguintes:
1º Prémio – €2.000;
2º Prémio – €1.500;
3º Prémio – €1.000;
4º Prémio – €500;
Prémio Especial Ambiente - €1.000.

Podem ainda ser atribuídas Menções Honrosas, não pecuniárias, aos trabalhos que manifestamente apresentem índices de inovação e oportunidade relevantes, sob decisão unânime do Júri. O Júri pode, ainda, atribuir prémios ex-aequo.

Será também atribuído um Prémio Especial ao Professor Coordenador do projecto vencedor do 1º Prémio, no valor de €500, de forma a gratificar o empenho e a dedicação no acompanhamento do trabalho.

Para a edição de 2009/2010 serão, também, ainda atribuídos adicionalmente material didáctico e informático aos prémios vencedores.